Magyarországon a kórházban elhunytak boncolása törvényi felhatalmazás és kötelezettség alapján történik. Az 1997-es egészségügyi törvény előírja, "minden kórházban elhunyt esetében kórbonctani vizsgálat végzendő".

A törvény által előírt boncolási kötelezettség azzal indokolható, hogy a kórházba történő felvétel után, ha a beteg elhalt, egyértelmű választ kell adni arra, hogy a betegség feltétlenül halálos volt-e, klinikailag felismerték-e az alapbetegséget, annak halálhoz vezető szövődményeit és a lényeges kísérő betegségeket. A gyógykezelés módja és alkalmazott módszerei megfelelőek voltak-e? Nem okozott-e szövődményeket a kezelés, és ha mégis, akkor arra nézve megfelelő volt-e a kezelés?

Ugyanakkor azt is kérdezhetjük: a mai kifinomult diagnosztikai lehetőségek (UH, CT, MRI) mellett sokszor célzott szövettani vizsgálatok történnek ultrahang-ellenőrzés mellett, indokolt-e a boncolások végzése mint minőségi kontroll? Erre mindenképp igennel kell felelnünk. Ugyanakkor a boncolások népegészségügyi szempontból is egy adott országra vonatkozóan komoly adatokat szolgáltatnak a betegségekről és régiónként mutatkozó különbségek felszámolásában is segítséget nyújthatnak.

A boncolásról és az azt követő szövettani vizsgálatról jegyzőkönyvet kell készíteni. A jegyzőkönyvben egyértelműen meg kell határozni a jelzett betegségeket. A boncolásokon az érintett beteg kezelésében tevékenykedő orvosoknak részt kell venniük. A kórboncolások gyakori résztvevői a háziorvosok is, akik az elhunyt kórtörténetének konzultációs feldolgozásában is részt vesznek. A klinikus így kontrollálhatja a diagnosztikus munkája helyességét, választ kaphat kételyeire és a kórlefolyás során észlelt, de nem kellően magyarázható jelenségekre. A patológus számára pedig klinikai megvilágításba kerülnek az észlelt formai elváltozások. Lehetőség nyílik a vitás kérdések azonnali megbeszélésére is A halottvizsgálati jegyzőkönyvet a patológus állítja ki, melynek megfelelő példányai a Központi Statisztikai Hivatalhoz kerülnek. Mellőzhető-e a kórboncolás?A boncolás elengedésére a beteg vagy hozzátartozója írásos kérelme alapján a klinikai és a patológiai osztály vezetőjének vagy a patológus szakorvosnak egybehangzó egyetértése esetén van lehetőség. Patológus szakorvos hozzájárulása nélkül Magyarországon kórboncolás mellőzésére nincs lehetőség. Ez a rendelkezés vonatkozik olyan kórházakban elhunytakra is, ahol önálló kórbonctani osztály nem működik. Ebben az esetben az intézményt felügyelő szakorvos engedélye szükséges a kórboncolás elengedéséhez. Ha a boncolás mellőzését engedélyezik, a halottvizsgálati jegyzőkönyvet a kezelőorvos állítja ki.

Nincs lehetőség a kórboncolás elengedésére azokban az esetekben, ahol a szülés utáni időszakban 168 órán belül hal meg az újszülött, az olyan esetében, akiben vagy akiből bármilyen szervet transzplantáltak, vagy aki foglalkozási betegségben szenvedett.

A boncolás során az elhunytból szövetminták eltávolítására kerül sor, melyből kórszövettani vizsgálatokat kell végezni. Emellett minden élő egyedből eltávolított szövetet kórszövettani vizsgálatra kell küldeni. Ez alól kivételt csak a kihúzott fogak képeznek. A kórboncolások során a testüregekből és a szervekből számos esetben anyagvétel történik bakteriológiai vizsgálatok céljából.

A patológia fogalmához hozzá kell fűzni, hogy az angolszász országokban lényegesen szélesebb értelemben használják a patológia fogalmát. Az immunológia, mikrobiológia, klinikai kémia, hematológia is a patológia tárgykörébe tartozik.